Вполне логично ;)

На мой взгляд, это не гибко - завязывать(читай навязывать) жестко требование, чтобы модель была в корне. А если у разработчика большой проект с кучей файлов, раскиданных по папкам (например если используется паттерн MVVM то папки будет три - Model, View, ViewModel), он вынужден работать с моделью в корне - а потом перемещать её в соответствии со своей структурой.

Гибко - это выбор в дизайнере модели, расположенной в любом каталоге проекта. Тем более, что данный принцип накладывает идеологическое ограничение на организацию файлов в проекте(что делать не нужно), при том, что на архитектуру приложения никаким образом не влияет.